Aus Lieferungen und Leistungen, die nicht vollständig für die Erzielung umsatzsteuerpflichtiger Umsätze verwendet werden, ist nur ein anteiliger Vorsteuerabzug möglich. Besonders bei den Bau- und Reparaturkosten von gemischt genutzten Gebäuden oder nachträglichen Installationen in gemischt genutzten Gebäuden streiten sich Steuerzahler und Finanzämter immer wieder gerne darüber, wie die Kosten korrekt aufzuteilen sind. Das Bundesfinanzministerium hat deshalb die Rechtslage und den aktuellen Stand der Rechtsprechung zusammengefasst und den Umsatzsteuer-Anwendungserlass an die Rechtsprechung angepasst.
Für die Bauherren kann der im EU-Recht vorrangig vorgesehene Umsatzschlüssel günstiger für die Vorsteueraufteilung sein, insbesondere wenn im gewerblichen Teil der Immobilie höhere Mieten erzielt werden können. Im deutschen Umsatzsteuerrecht ist jedoch ein Umsatzschlüssel nur dann zulässig, wenn keine andere Aufteilungsmethode zur Verfügung steht. In der Regel kommt deshalb der Flächenschlüssel zur Anwendung, und schon 2012 hat der Europäische Gerichtshof auch bestätigt, dass es den Mitgliedsstaaten freisteht, vorrangig einen anderen Aufteilungsschlüssel als den Umsatzschlüssel vorzuschreiben. Voraussetzung ist nach dem Urteil lediglich, dass die gewählte Methode eine präzisere Bestimmung des korrekten Vorsteueranteils gewährleistet.
Dem ist der Bundesfinanzhof gefolgt und hat 2014 festgestellt, dass eine Vorsteueraufteilung nach dem Umsatzschlüssel nur zulässig ist, wenn keine präzisere wirtschaftliche Zurechnung möglich ist. Der Flächenschlüssel schließe im Regelfall als präzisere Zurechnung den Umsatzschlüssel aus. Allerdings seien die Vorsteuerbeträge nicht nach dem Flächenschlüssel aufteilbar, wenn die Ausstattung der Räumlichkeiten erhebliche Unterschiede aufweist.
Wenn der Flächenschlüssel keine präzisere wirtschaftliche Zurechnung darstellt, gilt stattdessen die Methode, die eine genauere Aufteilung ermöglicht: Betreffen die Vorsteuerbeträge die mit dem Gebäude selbst erzielten Umsätze (Vermietungsumsätze), sei ein objektbezogener Umsatzschlüssel genauer. Wird das Gebäude hingegen für die Umsätze des gesamten Unternehmens genutzt (z. B. ein Verwaltungsgebäude), sei ein gesamtumsatzbezogener Umsatzschlüssel gerechtfertigt, meint der Bundesfinanzhof.
In weiteren Urteilen haben der Europäische Gerichtshof und im Nachgang der Bundesfinanzhof außerdem 2016 entschieden, dass bei der Herstellung eines gemischt genutzten Gebäudes für den Vorsteuerabzug - im Gegensatz zu den Eingangsleistungen für die Nutzung, Erhaltung und Unterhaltung - nicht darauf abgestellt werden kann, welche Aufwendungen in bestimmte Teile des Gebäudes eingehen. Stattdessen kommt es auf die prozentualen Verwendungsverhältnisse des gesamten Gebäudes an. Hingegen könnten Erhaltungsmaßnahmen den verschiedenen Nutzungsanteilen einfach unmittelbar zugeordnet werden.
Aufgrund dieser und noch einiger weiterer Urteile hat das Bundesfinanzministerium die längst überfällige Überarbeitung der entsprechenden Verwaltungsanweisung vorgenommen und die Änderungen in den Umsatzsteuer-Anwendungserlass eingearbeitet. Damit gelten nun folgende Regeln für die Vorsteueraufteilung bei gemischt genutzten Gebäuden:
Eingangsleistungen: Im Fall von Leistungen für die Nutzung und Erhaltung von gemischt genutzten Gebäuden sind die Kosten zunächst soweit möglich direkt den Ausgangsumsätzen zuzuordnen. Danach verbleibende Vorsteuerbeträge sind anhand der folgenden Vorgaben sachgerecht aufzuteilen. Wird dagegen ein gemischt genutztes Gebäude angeschafft oder hergestellt, sind die gesamten auf die Anschaffungs- oder Herstellungskosten des Gebäudes entfallenden Vorsteuerbeträge einheitlich in einen abziehbaren und in einen nicht abziehbaren Teil aufzuteilen. Es ist dann ausdrücklich keine vorherige direkte Zuordnung von Eingangsleistungen zu den Ausgangsumsätzen durchzuführen.
Methodenauswahl: Die Vorsteueraufteilung muss nach einem sachgerechten Aufteilungsschlüssel erfolgen, also nach einem Schlüssel, der für das Gebäude überhaupt als Aufteilungsmaßstab taugt. Kommen neben dem Gesamtumsatzschlüssel andere Aufteilungsschlüssel in Frage, muss ein anderer Schlüssel angewendet werden, wenn er ein präziseres Ergebnis liefert. Falls mehrere andere Aufteilungsschlüssel in Frage kommen, ist nicht zwingend die präziseste Methode anzuwenden. Die Auswahl der Methode trifft in diesen Fällen der Unternehmer. Das Finanzamt kann sie jedoch daraufhin überprüfen, ob sie sachgerecht ist. In Betracht kommen insbesondere ein objektbezogener Flächenschlüssel, ein objektbezogener Umsatzschlüssel oder ein Schlüssel nach dem umbauten Raum.
Flächenschlüssel: Grundsätzlich erfolgt die Vorsteueraufteilung nach dem Verhältnis der Nutzflächen des Gebäudes (objektbezogener Flächenschlüssel), da dies nach Überzeugung des Fiskus regelmäßig die präzisere Aufteilungsmethode ist, allerdings nur, wenn sie auch sachgerecht ist.
Umsatzschlüssel: Ein objektbezogener Umsatzschlüssel kommt nur in Betracht, wenn die Ausstattung der unterschiedlich genutzten Räume erheblich voneinander abweicht (siehe unten). Nur ausnahmsweise kann in solchen Fällen auch ein Gesamtumsatzschlüssel zur Anwendung kommen, z. B. bei Verwaltungsgebäuden, die den Umsätzen des gesamten Unternehmens dienen.
Umbauter Raum: Bestehen erhebliche Abweichungen in der Geschosshöhe, kann die Vorsteueraufteilung anstelle des Gesamtumsatzschlüssels nach dem umbauten Raum in Betracht kommen, wenn diese Aufteilung eine präzisere wirtschaftliche Zurechnung der Vorsteuerbeträge ermöglicht. Davon kann ausgegangen werden, wenn die Gebäudeteile eine unterschiedliche Geschosshöhe, aber ansonsten keine erheblichen Unterschiede in der Ausstattung haben.
Andere Schlüssel: Im Einzelfall können auch weitere Aufteilungsschlüssel sachgerecht sein. Beispielsweise hat der Bundesfinanzhof für den Fall einer Sporthalle entschieden, dass bei einer abwechselnden Nutzung des Gebäudes zu steuerfreien und steuerpflichtigen Zwecken eine Aufteilung nach den Nutzungszeiten am besten geeignet ist. Eine Aufteilung anhand des Flächenschlüssels komme nicht in Betracht, wenn es nicht um die gleichbleibende Nutzung verschiedener Gebäudeteile geht, sondern um die zeitlich wechselnde Nutzung derselben Teile.
Flächenberechnung: Für die Flächenberechnung sind grundsätzlich die Grundflächen aller Räume anzusetzen, unabhängig davon, ob es sich um Wohn- oder Gewerbeflächen handelt (Wohn- und Verkaufsräume, als Lager genutzte Keller oder Speicherräume, Tiefgarage). Es zählen aber nur die Gebäudeinnenflächen, also z.B. nicht auch Außenstellplätze. Flächen, die zur Versorgung des Gebäudes verwendet oder nur gemeinsam genutzt werden (z. B. Technikräume, Treppenhaus, Fahrradabstellräume, Waschküchen), bleiben unberücksichtigt. Ebenso sind von vornherein nicht zum Ausbau vorgesehene Räume nicht in die Flächenberechnung mit einzubeziehen. Die Grundflächen sind auch bei Dachschrägen in vollem Umfang anzusetzen. Die Flächen von Terrassen oder Balkonen zählen zur Hälfte. Eine alternative anerkannte Methode zur Flächenberechnung kann für Zwecke der Vorsteueraufteilung angewandt werden, wenn die gewählte Methode auch für andere Zwecke angewandt wird (z.B. Mietverträge), die Flächenberechnung für das gesamte Gebäude einheitlich erfolgt und das Ergebnis sachgerecht ist.
Beweislast: Die Feststellungslast, dass der Flächenschlüssel präziser als ein Umsatzschlüssel ist, liegt zwar beim Finanzamt. Das gilt jedoch nur, wenn dem Finanzamt alle für eine entsprechende Beurteilung erforderlichen Informationen vorliegen. Liegen nicht alle erforderlichen Informationen vor oder lassen diese keine eindeutige Beurteilung zu, ist davon auszugehen, dass der Flächenschlüssel grundsätzlich die präziseren Ergebnisse liefert.
Ausstattungsunterschiede: Erhebliche Unterschiede in der Ausstattung können immer dann angenommen werden, wenn sich die Dicke der Decken und Wände oder die Innenausstattung erheblich voneinander unterscheiden. Dann geht der Fiskus nämlich davon aus, dass sich auch die Höhe des Bauaufwandes der verschiedenen Räume erheblich voneinander unterscheidet und die tatsächlich erzielbaren Mieteinnahmen deutlich voneinander abweichen. Unterschiede allein aufgrund der verschiedenen Nutzung, die einen ähnlichen Bauaufwand haben, sind aber für sich genommen noch kein erheblicher Ausstattungsunterschied. Das betrifft beispielsweise eine unterschiedliche Zahl und Art von Strom- und Wasseranschlüssen für private und gewerbliche Mieter oder den Einbau deckenhoher Ganzglastürelemente nur im gewerblich genutzten Gebäudeteil und normaler Fenster im Wohnbereich. Erheblich sind Unterschiede erst, wenn sie auch zu einem deutlich unterschiedlichen Bauaufwand für nur einen Gebäudeteil führen. Das ist insbesondere der Fall, wenn die einen Räume luxuriös, die anderen aber schlicht ausgebaut sind oder nur für einen Gebäudeteil ein aufwändigerer Herstellungsaufwand anfällt, z. B. traglastverstärkte Böden für die gewerbliche Nutzung. Auch bei einer unterschiedlichen Nutzung von Einrichtungen durch die Mieter (z. B. Schwimmbad, das nur durch die Mieter des Wohnbereichs genutzt wird) oder bei der erheblich unterschiedlichen Nutzung von Flächen innerhalb des Gebäudes und auf dessen Dach liegen erhebliche Ausstattungsunterschiede vor.
Photovoltaikanlage: Eine zur Erzielung von Einnahmen genutzte Photovoltaikanlage, deren Kosten ertragsteuerlich zu den Anschaffungs- oder Herstellungskosten des Gebäudes zählen (z.B. weil sie bereits während des Baus installiert wurde), ist bei der Umsatzsteuer kein eigenständiges Zuordnungsobjekt mehr. Einen erheblichen Ausstattungsunterschied für das gesamte Gebäude stellt die Anlage aber nur auf einfachen Gebäuden (Schuppen, Stall, Garage etc.) dar. In allen anderen Fällen muss die Vorsteueraufteilung zweistufig vorgenommen werden. In der ersten Stufe ist zur Ermittlung des Anteils der Dachflächennutzung durch die Anlage ein objektbezogener Umsatzschlüssel anzuwenden. Die danach auf das restliche Gebäude entfallenden Vorsteuerbeträge sind in der zweiten Stufe nach den allgemeinen Grundsätzen, also meist nach einem Flächenschlüssel, aufzuteilen.
Zuordnungsmaßstab: Die jetzt veröffentlichten Vorgaben gelten vergleichbar auch für die Zuordnung einer gemischt genutzten Immobilie zum Unternehmen. Das ist insbesondere von Bedeutung für die Überprüfung, ob das Objekt zu mindestens 10 % unternehmerisch verwendet wird, da andernfalls ein Vorsteuerabzug komplett ausscheidet.
Die neuen Regeln sind mit zwei Ausnahmen in allen offenen Fällen anzuwenden. Es gibt also auch bei bereits abgegebener und vom Finanzamt akzeptierter Umsatzsteuerjahreserklärung keinen Vertrauensschutz, weil die Umsatzsteuerfestsetzung in der Regel unter dem Vorbehalt der Nachprüfung steht. Nicht beanstandet wird lediglich, wenn sich der Unternehmer bei der Zuordnung von Photovoltaikanlagen, Blockheizkraftwerken oder anderen Betriebsvorrichtungen oder bei der Zuordnung der Baukosten zu einzelnen Verwendungsumsätzen bei erheblich voneinander abweichender Ausstattung oder Raumhöhe auf die bisherigen Vorgaben beruft.